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新冠肺炎CT輔助診斷方案/新冠病毒全基因組分析方案 Q&A

近期,我們發佈了新冠肺炎CT輔助診斷解決方案和新冠病毒全基因組分析方案,收到來自行業內的很多的諮詢,我們會在這個帖子為大家做統一回復。

此回覆後續會持續更新,有問題的可以在我們帖子下繼續諮詢。

新冠肺炎CT輔助診斷解決方案:點擊查看
新冠病毒全基因組分析方案:點擊查看

Q&A
Q:CT影像閱片300+,是說一個疑似人就要有300張片子嗎?
A:拍一次CT,就有一個序列,一個序列是300~400張片子。

Q:我想問一下,人種的不同,會不會影響我們算法的準確度?
A:目前還沒測過國外的數據,有可能精度會有影響。

Q:還有對於其他ct系統的集成我們能做到什麼程度?
A:目前一般不建議直接對接CT系統,而是對接醫院的PACS系統。

Q:PACS系統全球都是一樣的嗎?
A:PACS系統是基於國際通用的DICOM協議的,所以基本上全球都一樣。

Q:我感覺數據安全會是大問題?
A:目前我們跟國內醫院的合作是通過在醫院內部署一臺前置機,對醫院數據做隔離,同時對數據進行脫敏,然後上傳公網調用AI服務。

Q:是誰在負責方案部署的工作呢?
我們在日本的部署方式是在日本region上部署API服務,然後日本本地的雲PACS合作伙伴會對接AI服務的API。

Q:PACS系統語言支持英文嗎?
A:我們的合作的雲PACS ISV都是可以支持英文的。

Q:基因檢測用血液監測呢?
A:一般不用血液樣本,主要是咽拭子、痰液、糞便等。

Q:咽拭子或痰等呼吸道分泌物據說可能病毒量比較少,而推薦血液檢測PCR?
A:血液的比較少,咽拭子要看情況的,有些位置病毒多,有些少。

Q:CT的檢測影像會被阿里雲/達摩院留存,用來訓練模型嗎?
A:不會。沒有反饋的數據我們留下數據沒有意義,而且還有合規方面的風險。一般AI診斷完後會自動刪除。

Q:前置機是我們提供嗎?還是我們只提供API?
A:前置機的話一般是醫院或者合作的PACS提供。

Q:醫生的移動辦公APP我們有英文合作伙伴嗎?
A:國內合作伙伴有英文版;海外CBM/SA也可以推薦海外ISV。

Q:上傳基因數據需要專線?
A:不需要專線,建議邊測邊傳。

CT的拍攝條件及圖片質量
Q:是否有所使用機器的情報(品牌和型號等)?
A:大部分的數據主要來及以下廠家SIEMENS、GE、PHILLIPS、TOSHIBA,但是目前沒有具體的型號信息。

Q:是否有片子的厚度分佈數據(xmm佔y%)
A:Slice thickness (0mm, 1.5mm):33.3%
Slice thickness (1.5mm, 5mm): 54.5%
Slice thickness (5mm, -): 12.2%

Q:本系統是否有使用準則(不僅限新冠病毒,普通肺炎的圖片,或是醫院拍攝的胸部CT片子是否可以使用等)
A:目前對於拍攝的CT片子沒有特殊的要求,在我們的訓練集和測試集中,縱膈窗重建的數據和肺窗重建的數據的比例接近1:1, 同時對於早期病例數據,我們建議使用薄層CT數據。
**
其他肺炎的鑑別能力**
Q:如何定義通常肺炎及其他肺炎?是否有區分通常肺炎(=新冠病毒以外的病毒性肺
炎)和其他(包含細菌性肺炎,誤吸性肺炎等全部肺炎)?
A:目前我們將新冠肺炎以外的其他肺炎都統稱為常規肺炎,暫時沒有區分常規肺炎能
力。

Q:其他肺炎的診斷正確率(其他種類肺炎的病例數,患者CT數等)
A:常規肺炎的病例大約有1700例,其中在測試集有200例左右,具體指標稍後測試完給出。

中國國內的最終識別正確率,96%正確率的證據,可信性,影響因素等
**Q:如何得出正確率(判斷結果和PCR陰性/陽性的一致率?經過臨床診斷的病例,臨床
醫生最終確診的病例,放射科醫生讀片結果的比對等?)**
※第五版規定只有湖北省可將CT讀片結果視為臨床診斷病例。但第六版之後並沒有相關的項目。**
A:1,目前該AI服務的其中一個功能是輸出新冠肺炎的概率、常規肺炎的概率和其他
情況的概率(三個概率的和為1,我們取概率最大的類型作為該病例的AI輸出結果)
2,我們目前的測試數據有600+,其中新冠數據、常規肺炎數據、其他情況的數據
比例接近1:1:1。關於這些測試數據的GroundTruth(GT),其中新冠數據的GT來
自醫院對外發布的確診數據、常規肺炎的GT和其他情況的GT來自歷史回顧性數據
(新冠爆發之前的數據)。
3,“CT讀片結果視為臨床診斷病例”:在我們所有的確診數據中,只有不到200例
數據是通過CT被確診為新冠病例的。

Q:判斷正確的時間點(PCR多次實驗?患者出院或死亡時臨床醫生確診的病名?等等)
A:這些信息無法獲取。

Q:是否有和醫生的診斷,臨床醫生或放射科醫生讀片結果進行比對?是否有數據?
A:我們所有的數據GroundTruth都是來自放射科醫生和臨床醫生,我們的驗證也是在
這些數據上面進行的。

Q:CT圖片的數量和質量,是否多次拍攝同一個患者以及患者情報等因素如何影響正確
率?是否有數據確認?
A:我們有小部分數據是病人全病程的CT數據,目前對早期數據的判斷精度不是很高,
具體數據目前暫時無法統計。

基因分析一體機常見問題:
方案定位和後續更新
面對疫情的緊急需求,將測序儀、試劑、軟件打包成軟硬一體的解決方案,降低測序和分析的用戶使用難度。幫助醫院病理科/檢驗科,疾控中心等機構,甚至是基層醫院,實現病毒的院內檢測。在此基礎上,後續增加流感、病原等相關分析流程算法,提高基因測序的臨床應用普及程度。
售賣條件
對於具備開展病毒檢測的生物安全實驗室,已經具備實驗和測序能力的機構,可提供基因分析一體機的售賣。如果不具備測序能力,需要聯合合作伙伴,提供自動建庫儀,基因測序儀,試劑耗材等方案配套。
交付方式
一體機軟硬一體,交付時只需要簡單配置即可。

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